Mons. Francisco Munera Correa è nato a Copacabana (Antioquia, Colombia) il 21 ottobre 1956.
Dopo essere entrato nel Seminario Maggiore dei Missionari della Consolata, ha studiato filosofia al Seminario Arcidiocesano di Bogotà e teologia alla Pontificia Università Javeriana di Bogotà. Ha ottenuto la licenza in Missiologia presso la Pontificia Università Gregoriana di Roma.
Ordinato sacerdote l'8 agosto 1982 a La Ceja (Antioquia, Colombia).
I suoi principali servizi durante il suo ministero sono stati i
seguenti: Vice-Rettore del Seminario Internazionale dell'Istituto Missionario della Consolata a Bravetta, Roma (1983-1986); Vicario parrocchiale e poi Parroco a Loyangallani, Diocesi di Marsabit, Kenya, in Africa (1988-1992); Rettore del Seminario Internazionale dell'Istituto Missionario della Consolata a Bogotà dal 1993 e dal giugno 1996 al 1998 è stato Vice-Superiore Regionale della IMC in Colombia.
Il 7 dicembre 1998 il Santo Padre Giovanni Paolo II lo ha nominato vescovo titolare di Acque Nouve di Numidia e vicario apostolico di San Vicente-Puerto Leguízamo; è stato ordinato vescovo l'11 febbraio 1999 nella cattedrale di Bogotà.
Il 30 maggio 2919, Papa Francesco lo ha nominato primo vescovo della diocesi di San Vicente del Caguán.
Il 25 marzo 2021, Papa Francesco lo ha nominato arcivescovo dell'arcidiocesi di Cartagena in Colombia. Entrerà in carica il 22 maggio 2021, nella Chiesa Cattedrale.